Синагога в Бордо була побудована в другій половині XIX століття – роботи велися з 1877 по 1882 рік. Під час Другої світової війни вона була осквернена, наполовину зруйнована та пограбована фашистами. Через десять років після закінчення війни в синагозі була проведена реконструкція, а в 1998 році її визнали пам'яткою історії.

Перші згадки про євреїв, які жили в Бордо, відносяться до другої половині VI століття. На початку XIX століття в місті налічувалося дев'ять синагог, які розташовувалися в приватних будинках. Ось що писав про євреїв Бордо історик Самуїл Лозинський: «Люди, не смевшие у себе на батьківщині відкрито сповідувати єврейську релігію, приїжджали сюди, щоб вступити в лоно юдейства... Люди, очевидно, прагнули в Бордо, щоб бути похованими за єврейським обрядом на єврейському кладовищі. Але Бордо... не міг перетворитися в молитовний будинок, притулок для престарілих і бордоські євреї виявили в ньому кипучу діяльність».

Авторами проекту великої синагоги стали два відомих француза: Поль Абаді, автор і реставратор багатьох релігійних споруд у Франції, і Шарль Дюран, художник, автор стельового розпису Лувру. За їхнім проектом була побудована синагога натомість згоріла під час пожежі в 1873 році. У вигляді нового будинку можна було побачити риси східного стилю і неоготики. В кінці XIX століття синагога в Бордо вважалася найбільшою з європейських синагог. При її будівництві був використаний металевий каркас, розроблений і виготовлений у майстерні ще одного відомого архітектора - Гюстава Ейфеля.

У роки Другої світової війни фашисти перетворили синагогу у в'язницю, з якої євреїв відправляли в концентраційні табори, в тому числі у Дахау і Освенцим. Ця трагічна доля спіткала більше півтора тисяч єврейських сімей. В пам'ять про ті страшні події поруч з синагогою була встановлена меморіальна дошка.

Сьогодні синагога використовується за своїм прямим призначенням – в ній проводяться служби. Відвідувачами синагоги є євреї, які емігрували з країн Північної Африки.