Домініканський костел Святого Миколая – одне з найстаріших храмів у Гданську, був створений в кінці 12 століття. Перша невелика церква, присвячена Святому Миколаю, була побудована в 1185 році. Вона була створена на перехресті двох найважливіших торгових шляхів: стародавній шлях купців і шлях від королівського замку до Померанії. До церкви приходили як місцеві жителі, так і приїжджі купці і моряки. У січні 1227 року поморський князь Святополк передав церква ордену Домініканців в особі Яцека Одроваца. Незабаром церква була перетворена в монастир. У 1260 році папа Олександр IV дарував Гданську привілеї, з тих пір в місто стали приїжджати паломники. У 1348 році почалися роботи по розширенню монастиря. У 1487 році з'явився зоряний звід, був добудований восьмикутний склепіння.

Під час Реформації монастир був неодноразово пограбований і частково зруйнований в 1525 і 1576 роках. Ченці були вигнані з монастиря, деякі були вбиті. Після втручання короля Сигізмунда Августа в 1567 році, в монастир повернулися домініканці.

У жовтні 1587 року король Сигізмунд III поклявся у свої зобов'язання по відношенню до республіці в монастирі. З цього моменту розпочався період процвітання. Тут не тільки процвітала духовне життя, але і з'явилися кошти для купівлі нового органу, реконструкції вівтаря. В кінці 17 століття була побудована готична каплиця в північній частині вівтаря. У 1834 році домініканці покинули місто, а церква стала однією з 4 католицьких Гданську.

Під час Другої світової війни церква не була зруйнована. За легендою, священик підкуповував солдатів Червоної Армії хорошим алкоголем, тому солдати не пограбували і не спалили церкву. У квітні 1945 року, після 111 років відсутності, домініканці знову з'явилися у Гданську і в церкві.

В кінці 60-х років церква стала місцем збору опозиціонерів. Батько Луї Вишневський організував збори, на яких були присутні учні середньої школи, а потім і студенти, і політики.