Свято-Преображенська церква в Геленджику, розташована на старому цвинтарі була побудована ще у дореволюційні часи - після 1909 р., і діяла як цвинтарна каплиця на освяченому в травні 1904 р. міському кладовищі. З 1917 р. храм Вознесіння систематично припиняв роботу, а пізніше, як і більшість храмів, його зовсім закрили. І лише з 1952 р. у цвинтарній каплиці почали проводитися богослужіння.

Каплиця була обладнана як храм і освячена в ім'я Вознесіння Господнього. У червні 1990 р. церкву повернули віруючим, після чого почалося її відновлення. У 1993 р. церква на старому цвинтарі переосвятили і саме тоді вона отримала свою сучасну назву.

З благословення митрополита Кубанського та Катеринодарського Високопреосвященнішого Ісидора, з 1996 р. було розпочато зведення північного притвору і дзвіниці. У січні 1998 р. на дзвіницю був встановлений 16-метровий намет з хрестом і маківкою. У 2002 р. на місці сараїв і старої кухні почалися будівельні роботи по зведенню дитячої недільної школи. 1 вересня 2005 р. в новозведеної недільній школі почалися заняття з дітьми. У 2007 р. на церкви замінили центральний купол. У 2008 р. закінчилося будівництво меморіальної каплиці Св. Миколая Чудотворця, після чого її освятив вікарій Кубанської і Катеринодарської єпархії єпископ Тихон.

В даний час в недільній школі, що діє при Свято-Преображенської церкви, навчається 50 учнів. У школі викладаються такі дисципліни: історія РПЦ, Закон Божий, співи, малювання, рукоділля, бісероплетіння. На Великодніх і Різдвяних виставках у місті Геленджику регулярно виставляються роботи, зроблені руками дітей. У шкільному приміщенні на першому поверсі розташований баптистерій для проведення обряду хрещення дорослих і дітей.