Місто Кандалакша знаходиться в Мурманській області. Він розташований на південному кордоні двох єпархій: Мурманської і Мончегорской. Незважаючи на те, що Иоанновский храм був побудований порівняно недавно, в 2005 році, його прихід має дуже давню історію.

Приблизно п'ять століть тому відбулося хрещення на річці Нивка, на правому березі біля гирла. Тепер тут стоїть місто Кандалакша. Згідно з праць преподобного Феодорита Кольського, місцеві жителі самі приїхали до Москви з проханням провести над ними таїнство хрещення і освятити церкву. Тоді за велінням князя архієпископ Макарій направив до них з Новгорода священика і диякона для здійснення всіх обрядів. У 1526 році преподобним Феодоритом Кольським був зведений храм на честь Різдва Іоанна Предтечі. З цього часу і з цього місця бере свій початок історія міста. Протягом всього періоду існування цього храму, він багато разів перебудовувався. У 1548 році навколо храму утворився Кандалакшський монастир.

В 1589 році В результаті нападу шведів, побудови храму, монастиря і багатьох селянських дворів постраждали від набігів і грабунків. Більше чотирьох сотень людей загинули від рук шведів. У 16 столітті храм занепав і прийшов в непридатність. У 1751 році преосвященний Варсонофій видав грамоту, яка давала дозвіл на відновлення стародавньої церкви на честь Різдва Іоанна Предтечі. У 1768 році храм почали відбудовувати. У 1801 році відбулося освячення нового храму. Це будівля простояла до сорокових років двадцятого століття. Новий храм простояв довгий час. Він пережив атаки англійських військ в часи Кримської війни у 1855-1856 роках. Однак на початку сорокових років минулого століття в рамках антирелігійної кампанії церква була закрита. Будівля храму було обезголовлено і сплюндровано. Тільки в кінці минулого століття храм почав своє відродження.

Влітку 1988 року православні Кольської єпархії святкували 1000-літню річницю Хрещення Русі. До того часу в Кандалакше вже була зареєстрована громада. У період проведення свята віруючі звернулися до Преосвященнейшему Пантелеімону, єпископу Архангельського і Мурманскому, що знаходиться в місті Кіровську, з проханням направити в їх місто священика, оскільки на той момент громада була без свого пастиря. Владика пообіцяв задовольнити прохання громади та порекомендував поки підшукати приміщення для майбутнього храму.

3 червня 1989 року в день свята ікони Божої Матері «Володимирська» Багатьох міською адміністрацією офіційно було передано приміщення, де раніше знаходилося управління Кандалакшского заповідника. Незабаром після цього, 6 липня 1989 року тимчасовий престол в честь Різдва Іоанна Предтечі був освячений. Після цього був відслужений подячний молебень.

Протягом наступних років змінилося кілька священиків і настоятелів, була відкрита недільна парафіяльна школа, відбулося освячення місця для будівництва нового храму, неподалік від того місця, де колись стояв древній храм. Незабаром на цьому місці був зведений новий просторий храм. Він – однопрестольний. Побудований з дерева. Має шатровий конструкцію. Будівництво храму було закладено у січні 2000 року. Його урочисто освятили 26 березня 2005 року. Обряд був проведений Високопреосвященнішим Симоном, архієпископом Мурманським і Мончегорским.

На сьогоднішній день храм діючий і продовжує змінюватися. Настоятель храму ієромонах Силуан (Миколаїв), призначений на цю посаду в 2006 році, займається благоустроєм території та окрасою храму.