Архітектура синагоги Бен Езра не відрізняється від стандартної архітектури коптських церков. Це сталося тому, що будівля спочатку і було церквою, але в кінці X ст. халіф Хакім закрив церкву. У пізніші часи цю будівлю викупила єврейська громада, яка на той час становила значну частину єгипетського суспільства. Синагога була названа по імені рабина Єрусалиму Абрахама бен Езра.

Прославилася вона тим, що в XIX столітті, під час ремонту, тут була виявлена скарбниця з тисячами документів XI-XII століть.
Нещодавно відреставрували синагогу.