Храм, зведений на честь олександрійського архієпископа Афанасія Великого, є одним з найбільш старовинних храмів міста Керчі, його місце розташування - схил гори Мітрідат. У той час в Керчі проживало безліч православних греків. Афанасій Ставрович Маринаки залишив заповіт, згідно з яким були виділені кошти у кількості 15 000 рублів, на які і була зведена церква біля міського кладовища, освячена на честь його небесного покровителя. І сьогодні його нащадки іноді відвідують цей храм.

Міське кладовище займало північний схил Мітрідат, воно було обнесене кам'яним парканом, надгробки були дорогими, виготовленими з мармуру. За кладовищем ретельно доглядали, воно було засаджено різними деревами і кущами бузку. Тут знаходився пам'ятник Ф. С. Томазини і протоирею Іоанну Кумпану. Найвище місце займали могили викладачів, де кожен рік відбувалися панахиди в присутності вчителів та учнів місцевих гімназій. Від великої арки алея вела прямо до храму. Уздовж алеї, недалеко від церкви, розташовувалися поховання учасників Кримської війни, де спочивав і герой оборони Севастополя генерал-лейтенант А. О. Сабашинский. Сьогодні на місці цього кладовища знаходиться пустир.

Фасад церкви прикрашала меморіальна дошка з мармуру, на якій була вибита грецький напис з основними відомостями про храм: дата будівництва і освячення, ім'я жертводавця і ім'я святого покровителя.

Закрита цвинтарна церква була в 1923 році 31 жовтня по причині зносу кладовища, потім була відкрита у вигляді парафіяльного храму і знову закрита в 1937 році за рішенням місцевої влади. Відкрили її лише в період німецької окупації для солдатів з Румунії, і з тих часів вона діє постійно.

Внаслідок боїв будівлю церкви було пошкоджено осколками снарядів, після чого його відреставрували. Зараз у дворі храму розбитий невеликий садок, є старі могили, серед яких багато безіменних, працює сторожка недільної школи і церковна лавка. Зсередини храм порівняно невеликий і вміщує близько 350 осіб. У храмі дуже багато ікон, більшість з яких складають старі ікони, принесені парафіянами в повоєнний час. Особливо дивний образ з мозаїки Спаса Нерукотворного і ікона Богоматері візантійського письма. Серед сучасних святинь цікаві красиві і багато оформлені ікони Святого чудотворця Луки Кримського із часточкою його мощей та Почаївської Божої Матері.