Ції-ін є головним храмом буддійської школи Дзьодо-сю, яку в XII столітті заснував чернець Хонэн, згодом прозваний «Великим вчителем досконалого світу». Засноване ним вчення стало вельми популярним серед простих жителів Японії, сьогодні Дзьодо-сю – одна з найбільш численних буддійських сект в країні.

Храм був побудований учнем Хонэна в пам'ять про свого вчителя в 1234 році. Через чотири століття храм сильно постраждав від пожежі, але був відновлений за розпорядженням сьогуна Токугави Иемицу, який правив у першій половині XVII століття. Під час його правління у храму були побудовані масивні ворота Саммон (найвищі в Японії, висота 24 метри) і з'явилися гостьові будиночки. На балках дахів представник клану Токугава розпорядився зобразити свої фамільні знаки, і з тих пір вигляд храму не змінювався.

Можливо, що від вогню храм захищає так званий «забутий парасолька» - предмет, який знаходиться за однією з балок головного будинку храму. Остов парасольки наполовину виступає на півтораметровій висоті. Він добре видно відвідувачам, але людська рука не торкалася до нього протягом декількох століть. Є кілька версій того, як парасолька опинився під дахом. За однією з них, парасолька залишив тесля, щоб захистити храм від злих духів і пожеж. За іншою версією, парасолька залишила біла лисиця в знак подяки за побудоване нове житло. Не виключено, що парасолька був просто забутий. Однак самі японці бережуть цю романтичну легенду.

Таких загадкових історій, пов'язаних з храмом Ції-ін, кілька – крім парасольки, в храмі є ще шість предметів з незвичайними властивостями чи містичними значеннями. Так, в головному будинку Миэйдо мостини в коридорі називають «солов'їними» за те, що вони голосно скриплять, навіть якщо на них злегка наступають. Кінці мостин обковані металом, які труться один об одного і видають гучний звук. Скрипучий пол – одна з охоронних заходів, прийнятих в японському Середньовіччя. На одній з картин в храмі намальована кішка, погляд якого спрямований на відвідувача, в якій би точці приміщення він не знаходився б. Ще одна легенда «оживила» горобців, які були намальовані на одній з перегородок храму. Птахи були зображені так майстерно, що нібито ожили і упорхнули. Крім цього, у храмі зберігається ложка вагою більше 30 кг і довжиною близько 2, 5 метра – вона символізує милосердя Будди Аміда. Ще тут знаходиться камінь, на якому одного разу зросла баштанне рослина. За однією легендою, камінь замикає вхід в підземний коридор, який веде в замок Нидзе, за іншою версією, камінь – це шматок метеорита, що впав. Є тут і пам'ятний знак про подружжю плотніков, які зводили ворота Саммон і покінчили з собою, коли з'ясувалося, що витрати на будівництво перевищили заплановані витрати.

Ще однією визначною пам'яткою храму є масивний дзвін вагою 74 тонни. Щоб він видав звук, потрібна сила 17 ченців.