Флорівський монастир вперше згадується в документах XVI століття, принаймні саме в 1566 році була видана грамота князеві Костянтину Острозькому, згідно з якою територія монастиря передавалася протопопу Якову Гулькевичу, який і відновив діяльність монастиря (тобто, він існував і раніше). У 1682 році вже зустрічається згадка про те, що на Подолі перебував дівочий монастир з двома церквами, одна з яких носила ім'я мученика Флора.

Однак, з моменту відновлення діяльності монастиря до початку XVIII століття у Флорівського монастиря було важко з фінансами, тому він практично не розвивався. Тільки в 1712 році, після закриття жіночого Воскресенського монастиря і перекладу жили там черниць у Флорівський монастир починається розквіт обителі, оскільки всі володіння закритого монастиря перейшли у власність Флоровського.

Незадовго після перекладу черниць у Флорівському монастирі починають зводити нову, тепер уже кам'яну церкву Вознесіння. Після освячення храму в 1732 році монастир почав офіційно називатися Свято-Флоровський Вознесенський. Крім цього храму все інше було дерев'яним, тому згоріло у знаменитому київському пожежі 1811 року. У наступному році з казни було виділено кошти на відновлення монастиря, на які і були зведені кам'яні споруди. До початку ХХ століття вже вся територія монастиря була забудована кам'яними і дерев'яними спорудами (лікарнею, богодільнею і ще кількома храмами).

У роки радянської влади монастир закрили, зруйнувавши при цьому храм Святої Трійці. Відродження монастиря почалося тільки в часи німецької окупації, і хоча згодом Київ був звільнений, обитель вже не закривалася, хоча і продовжувала зазнавати утисків від влади. На сьогоднішній день він продовжує розвиватися і розвивати традиції духовності.