Будівництво нової будівлі монастиря Санта-Клара в Коїмбре було розпочато у 1649 році. Старий монастир, побудований в кінці XIII століття, був зруйнований, і було прийнято рішення будувати нову будівлю для монахинь ордену Святої Клари.

Проект монастиря розробив бенедиктинський чернець і королівський архітектор Жоао Турриано, завідував будівництвом королівський архітектор Матеуш ду Коут. Будівництво нової будівлі тривало досить довго. У 1677 році в новий будинок монастиря, який став називатися монастир Санта-Клара-а-Нова, в'їхали черниці. В 1696 році відбулося освячення храму.

Головний портал монастирської церкви прикрашає королівський герб, який підтримується двома ангелами. Інтер'єр храму виконаний у стилі бароко. Церква має один неф, трансепт відсутня. Бічні капели і головну капелу прикрашають 14 запрестольных образів XVII століття в стилі «талья дорада» - вівтарні картини в обрамленні різьбленого і позолоченого дерева. Крім того, в новий монастир перевезли гробницю з прахом королеви Ізабелли Португальської, засновниці цього монастиря. Після смерті свого чоловіка, короля Дініш, королева перебувала в коимбрском монастирі Санта-Клара до самої смерті і була похована там же. Тому серед місцевих жителів цю обитель ще називають монастирем королеви Ізабелли. Гробниця з прахом, зроблена зі срібла і кришталю, знаходиться біля головного вівтаря церкви. Перед церквою стоїть пам'ятник королеві Ізабеллі, виконаний скульптором Антоніо Тексейра Лопеш в XIX столітті.

У 1733 році в монастирі були побудовані криті галереї в стилі ренесанс. Будівництвом цих галерей завідував угорський архітектор Карлос Мардел.