Можайський історико-краєзнавчий музей є філією Державного Бородінської військово-історичного музею-заповідника. У 1905 році при місцевому Земстві був організований музей наочних посібників на допомогу учням. За участю графині П. С. Уварової він поступово перетворився в історико-краєзнавчий. У музеї з'явилися експонати, передані з багатої колекції графів Уварових, що зберігалася в маєтку Поріччя Можайського повіту.

Після лютневої революції 1917 р. музей залишився без нагляду. Його експонати розійшлися по Можайським школам, частково потрапили в музей, організований місцевою кооперацією. Цей музей проіснував до пожежі 1920 р., коли майже всі його експонати загинули у вогні. У 1920-ті роки зусиллями місцевих краєзнавців Н.Та Власьева, керівника історико-археологічної секції Можайського товариства краєзнавців, і в. І. Горохова, місцевого літописця, музей був відроджений.

Перед початком бойових дій 1941 р. колекції музею були евакуйовані в Обласний краєзнавчий музей р. Істри, звідки після війни з різних причин не повернулися. Можайський історико-краєзнавчий музей був відкритий в 1981 р. до 750-річчя міста. З 1986 р. музей стає філією Державного Бородінської військово-історичного музею-заповідника.

У 1985 р. в Можайську був відкритий Будинок-музей народного художника СРСР С. В. Герасимова, який з 1990 р. став філією Державного Бородінської військово-історичного музею-заповідника і увійшов у структуру Можайського історико-краєзнавчого музею. Фонди музею містять колекції: історико-побутових предметів, археологічних знахідок, документів і фотографій колекція творів живопису і графіки можайських художників, С. В. Герасимова і його учнів. В даний час в музеї працює виставковий зал і постійна експозиція в Будинку музеї С. В. Герасимова.