Військовий собор Олександра Невського, як і більшість культових споруд на території колишнього Радянського союзу, має довгу і складну історію. Будувався за проектом кубанських архітекторів братів Івана та Єлисея Чорниця, які отримали освіту в Санкт-Петербурзькій академії мистецтв. Закладений був навесні 1853 року, а освячено лише через довгих дев'ятнадцять років – у 1872 році з причини Кримської війни та нестачу коштів на будівництво. Але відкрившись для віруючих, він явив собою справжній шедевр собору візантійсько-руського стилю. Маючи чіткий план рівностороннього хреста з п'ятьма банями, увінчаними позолоченими хрестами, він вражав відвідувачів також багатим внутрішнім оздобленням з порцеляновим іконостасом та позолоченою ліпниною. Собор став першим кам'яним храмом в Катеринодарі.

При соборі діяв військовий співочий хор, відомий на всю Кубань, став прообразом знаменитого нині кубанського козачого хору. З храмом були пов'язані всі великі та урочисті події козацького війська, тут же зберігалися головні цінності козацького війська – атаманская булава, військові знамена, царські грамоти, церковні книги. Собор у 1888 році приймав у своїх стінах імператора Олександра III з імператрицею Марією Федорівною і синами Миколою та Георгієм. У 1914 році собор відвідав імператор Микола II.

З настанням епохи атеїзму храм закрили (у 1929 році), по-варварськи розграбували, один час тут був музей атеїзму імені В. Сталіна, а в травні 1932 року його підірвали. У 2003 році міською владою було прийнято рішення про відновлення храму. В кінці травня 2006 року митрополит Калінінградський і Смоленський Кирил освятив відроджений Олександро-Невський собор. Сьогодні військовий собор Олександра Невського є головним православним храмом Краснодара.