Спочатку на місці палацу Ажуда було дерев'яна будівля, побудована для королівської сім'ї, яка вирішила перебратися сюди після землетрусу в 1755 році. Ця будівля ще називали «Королівська халупа» або «Дерев'яний палац». Пожежа знищила його в 1795 році і на його місці був зведений кам'яний палац.

Будівля починало будуватися під керівництвом архітектора Мануела Ситано де Суза, який планував зробити його в стилі пізнього бароко - рококо. Трохи пізніше будівництво продовжили архітектори Хосе да Коста і Франсиско Ксавьер Фабрі, але будівля вже будувалося в стилі неокласицизму. Будівництво тривало до 1807 року і не було закінчено. Палац був захоплений військами Наполеона, а королівська сім'я змушена була покинути Португалію і сховатися в Бразилії. Будівництво тривало повільно, місцями зупинялося, вигляд палацу змінювався на увазі того, що на кожному етапі будівництва був інший архітектор. У 1826 році палац знову став королівською резиденцією. У 1910 р. палац був закритий після проголошення Республіки і відкритий вже в якості музею в 1968 році.

В музеї знаходиться чудова колекція творів мистецтв, починаючи з XV і закінчуючи XX століттям. Зали палацу прикрашені меблями в стилі Людовика XV, гобеленами і статуями. У палаці багато екстравагантних предметів декоративного мистецтва. Така велика кількість розкоші було результатом безпрецедентного багатства в XVIII столітті, коли вперше в Бразилії були відкриті алмази. Вражають своєю пишністю Зимовий сад, Танцювальний зал, кімната Посла, а так само Бенкетний і Тронний зали.

Досі Палац використовується урядом Португалії для проведення офіційних церемоній.