Собор Богоявлення був побудований в 1693-1696 роках з включенням в подклет частин первісної споруди, що датується 1624 роком. У 1697 році був освячений північний приділ в пам'ять про митрополита Алексія. Південний приділ був звернений у ризницю.

Собор Богоявлення з нижнім храмом на честь Казанської ікони Божої Матері являє собою прекрасний зразок "наришкинськоє бароко". Для цього стилю характерні композиція восьмерик на четверику і білокам'яний декор, який орієнтується на західноєвропейські форми. Храм відрізняє висока покрівля трапезної і сильно виступаючі апсиди вівтаря. Представляють інтерес пишні карнизи собору у вигляді бахроми, велика кількість декоративних балясин в наличниках, розірвані фронтони, пілястри і раковини. Примітні також стовпчики по кутах четверика. Покрівля трапезній має бароковий фронтон.

Всередині собору збереглися фрагменти скульптурного оздоблення, виконані артіллю майстрів зі Швейцарії у 1704-1705 роках, "Коронування Богоматері" на стороні вівтарної, "Різдво" – на південній та "Хрещення" – на північній стінах.

Нижній храм служив усипальницею Долгоруких, Юсупових, Шереметьєвих, Голіциних. Після закриття храму, некрополь був знищений, залишилося лише кілька надгробків.

Собор був закритий в 1929 році. У нижньому поверсі був влаштований борошняний склад, а у верхньому розмістився Український клуб.

В даний час у верхньому храмі відновлено різьблений золочений іконостас, розписи та скульптурні композиції. У нижньому храмі освячено головний престол Казанської ікони Божої Матері і боковий вівтар в ім'я митрополита Олексія Московського.