Спасо-Преображенський монастир був заснований учнями Олександра Свірського Геннадієм і Никифором. Старець Геннадій, який жив на березі озера Важі, невеликий пещерке, своїми подвигами, чудес і зціленнями підготував і освятив це місце до приходу іншого послідовника Олександра Свірського - преподобного Никифора. Вже в 1520 році на березі Важеозера була збудована Преображенська церква, повністю зроблена з дерева. Першим ігуменом Важеозерского Спасо-Преображенського монастиря став преподобний Никифор, який служив своїй справі аж до своєї кончини в 1557 році.

Іван Грозний склав грамоту, за якою заснована обитель отримала деяку частину землеволодіння. Крім цього, цар наказував проводити очисний роботи в прилеглому лісі і орати свої землі без допомоги найманої робочої сили. Таким чином, по цій грамоті монастирю повністю заборонялося володіти селянами, селами, а роботи повинні виконуватися тільки руками самих ченців. Після того, як помер преподобний Никифор, настоятелем монастиря був призначений ігумен Дорофей, при якому була поставлена каплиця прямо над могилами засновників церкви.

Смутний час, яке спіткало Русь в 17 столітті, не могло не торкнутися і Спасо-Преображенського монастиря. Натовпи шведів розграбували і спустошили Никифоровскую пустелю, знищивши, спустошивши і розграбувавши все її майно. Відлюдники просто не могли чинити опір нападникам. Могили ченців ще довгий час були місцем паломництва.

Після нещадного розорення церкви, вона ще дуже довгий час не відновлювалася. За свідченнями історичних книг 1619 і 1623 років стає ясно, що церковна братія була занадто мала. В 1640 році настоятелем монастиря став ігумен Антоній, який значною мірою пожертвував коштовне Євангеліє і який збудував церкву на власні гроші. Антоній призначив скарбника, келаря, 4-х старців і 6 служниць, хоча стан обителі все ще оцінювався як дуже убоге.

Продовжувачем діянь Антонія став старець Варлаам, якого в 1680 році змінив старець Саватій. За підсумками знову проведеної опису видно, що монастирське майно значно збільшилося, а скотарська діяльність стала набагато прибутковіше. Кількість робочих і ченців до того моменту збільшилася до 22-х осіб. Але найкраще положення обитель набула в 1685 і 1697 роки, коли церковне начиння і монастирське майно стали досить цінними.

У 1800 році церква була приписана до Олександро-Свирскому монастирю і полягала у його складі до 1846 року. У 1885 році нищівна пожежа знищила практично всі дерев'яні монастирські будівлі. Церковна братія розійшлася по решті монастирям.

Після пожежі Спаси-Преображенський монастир був відбудований не тільки з матеріальної, але й духовної допомогою «Всеросійського батюшки», яким був Іоанн Кронштадський. Підлягав відновленню храму Всіх Святих, а також було збудовано п'ятиглавий храм з дерева, названий на честь Преображення Господнього. Була відновлена надбрамна церква, готельні та ігуменські корпусу. На початку 20 століття монастир вже повністю був обкладений цегляною огорожею. В монастирі стали діяти шевська та кравецька майстерні, а також борошномельний млин і завод, де отримували смолу, скипидар і дьоготь.

Остання реконструкція чекала монастир в 1992 році, коли храм і придбав сучасний вид.