Археологічний музей Осієк був заснований в 1877 році і називався Музеєм вільного королівського міста Осієк. Музей був заснований за ініціативою і на пожертвування (нумізматична колекція, колекція старовинної зброї і літератури) купця Франьо Седлаковича. У 1878 році першим куратором музею був призначений Андрій Кодрик. У перші десятиліття існування фонди музею наповнювалися виключно за рахунок пожертвувань багатих і відомих громадян міста Осієк, серед яких були Франьо Седлакович, Карл Нубер, Йосип Юрай Штроссмайер, Емерік Хільді і доктор Карл Коллич. Ця колекція була і залишається найбільшим пожертвуванням в історії музею.

Одним із знаменитих працівників музею був Векослав Селестін – куратор музею з 1893 року. Він пропрацював у музеї майже 43 роки, був старанним працівником і професіоналом своєї справи. Це підтверджує той факт, що він відомий у музеях Хорватії і за її межами. Він виконував майже всю роботу: турбувався про поповнення і оформленні музейних зібрань, проводив систематичну перевірку документації, починаючи з археологічних розкопок і закінчуючи етнографічними матеріалами. За його праця Селестіна по праву вважають одним із засновників музею. До кінця перебування на посаді куратора в 1933 році він заснував Клуб археологічного товариства «Мурса» (1937 році його перейменували на Товариство друзів старожитностей «Мурса»), що стало важливим внеском у роботу музею.

Музей протягом всієї історії свого існування дуже часто змінював своє місце розташування. А з 1946 року і по сьогоднішній день він знаходиться в цитаделі Осієк – будівлі колишньої міської думи.

Під час війни музей був сильно пошкоджений, але на щастя, вся колекція залишилася майже недоторканою. Найгірший збиток колекції було завдано дощами і неправильним зберіганням. Постійна експозиція була вивезена в безпечне місце. Але під час постійних артобстрілів, робота музею була припинена. У 1994 році музею було надано статус національного закладу.