Однонефний храм святого Іоанна Хрестителя був задуманий в 1510 році благодійниками Пардубіце – панами Пернштейнами, які не тільки займалися реконструкцією місцевого замку, перетворюючи його в затишну резиденцію роду, але й не забували про що лежить під стінами замку місті. Завдяки Пернштейнам, в Пардубіце побудована не одна церква. Не став винятком і храм, освячений іменем Іоанна Хрестителя.

Будівництво тривало досить довго: чи то коштів не вистачало, то були інші турботи. Нарешті, в 1563 році церква була відкрита для всіх бажаючих. Деякі удосконалення інтер'єру тривали ще 7 років. Закінчував будівництво костелу місцевий архітектор Вацлав Вшетечка. Він же створив при церкві склеп, над яким у 1788 році поставили дзвіницю.

Для нового храму було придбано ділянку, який був частиною головного пардубицкого кладовища. Ще тривалий час поряд з церквою ховали померлих. До наших днів в ідеальному стані збереглися деякі стародавні гробниці, датовані XVI-XVII століттями. Тепер вони теж стали місцевою визначною пам'яткою і входять у склад тутешніх пам'яток архітектури та історії.

Згодом храм став вимагати ремонту, який і був проведений в 1881 році. Потім, вже в новому столітті, церква знову була реконструйована. Останнє значне втручання в її вигляд сталося в 1938-1940 роки.

Внутрішнє оздоблення церкви виконано в бароковому стилі.

Храм святого Іоанна Хрестителя діючий і відкритий для відвідин під час служб і церковних свят.