Згідно з переказами, назва "Мішаріна гора" походить від якогось дяка Мунехина Мисюри, який жив у першій половині 16 століття і який був відомий своєю благодійною діяльністю по відношенню до Божим церквам. Авторитетний краєзнавець Окулич-Казарін Н.Ш. волів найбільш правдоподібною версією походження назви храму від маленьких боліт, що носили назву мшары, адже саме такими болотами колись у давнину була оточена гора.
Зведення кам'яної церкви відбулося в 1547 році. Спочатку храм був монастирським. У записах Писцовой книги 1623 року згадується про чоловічому Котельниковом монастирі з Мишариной гори. Саме про це монастирі написано в Четьях минеях Всеросійського митрополита Макарія. Є припущення, що ігуменом Котельникова монастиря впродовж 60-х років 16 століття був Василь-Варлаам, який є автором житій Олександра Невського, Євфросинія Псковського.
У 1808 році храм призначався до зносу як дуже старий, але все ж Святійший Синод не дав згоди на це дійство. У 1882 році купцем з Пскова Стехновским Петром Михайловичем перед вхідними дверима була споруджена кам'яна прибудова. Протягом 1892-1896 років проводилися ремонтно-реставраційні роботи на грошові кошти церковного старости – Кафельникова Івана Михайловича – почесного громадянина міста Пскова. Церква має два престоли, основним з яких є престол Євангеліста й Апостола Іоанна Богослова, а другий названий в ім'я Святого Мученика Іоанна Воїна. Протягом 1786-1808 років до церкви був приписаний храм Георгія з Узвозу, а в 1934 році приписали церква Святих рівноапостольних Царя Костянтина і його матері Цариці Олени.
Церковна дзвіниця була побудована в один час із зведенням храму Іоанна Предтечі. На дзвіниці висіли шість дзвонів. У парафії знаходилося три каплиці, збудовані з дерева: Чудотворця і Святителя Миколая неподалік від села Хрястолово, Святої Мучениці Анастасії і Преподобної мучениці Анастасії.
При храмі Іоанна Предтечі існували богадільня, церковно-приходське попечительство, лікарня, але церковно-парафіяльної школи так і не було збудовано. Під кінець 19 століття в селі під назвою Козиний Брід була побудована церковна приходська школа, але незабаром в 1895 році з причини близькості до інших міським школам вона була закрита.
По периметру всієї церкви розташований цвинтар, на якому поховані історик і краєзнавець Цвылев С. А., реставратор Смирнов В. П., а також воїни, що загинули під час виконання свого бойового боргу.
Починаючи з 1913 року, в храмі служив священик Колобов Федір Васильович. У 1927 році після того, як його кілька разів заарештовували, Федора Васильовича заслали на Урал. Дружина Колобова пішла за ним, після чого про них ніяких відомостей не надходило. Псаломщиком-дияконом був Михайло Лебедєв, але про його подальшого життя нічого невідомо.
23 грудня 1936 року було прийнято рішення про закриття церкви, але за іншими відомостями, богослужіння тривали аж до Великої Вітчизняної війни. Під час війни храм отримав деякі ушкодження стін, покрівлі, внутрішньої і зовнішньої обробки. Протягом 1970-1989 рр. під керівництвом архітектора Лебедєва Ст. А. проведення повна реставрація церкви. 3 березня 1965 року церковне кладовище було закрито для поховань.
Перші служби почали проводитися в 1992 році при самому вході в храм. Відродження церкви Святого Іоанна Предтечі тісно переплітається з ім'ям відомого ігумена Іони. Сприяв відновленню церкви і директор кабельного псковського заводу Кукушкін Віктор Петрович.
У 2001 році Псковський архієпископ Євсевій здійснив обряд освячення восьми дзвонів, які були відлиті в місті Воронежі за стародавнім способом. Сьогодні в церкві працює недільна школа та здійснюється паломницька служба, яка отримала статус єпархіального.