Зоопарк і музей природи в Спліті з'явилися завдяки подарованим місту на початку XX століття декількох цінних природних колекцій. Професор Умберто Джирометта в 1923 році поставив питання про створення Музею природної історії. Муніципальний рада Спліта прийняв дане питання до розгляду і в 1924 році був заснований перший музей, а Джирометта став його керівником аж до своєї смерті в 1939 році.

У перші роки свого існування музей розташовувався в одному з муніципальних будівель у самому центрі міста. Незабаром приміщень стало не вистачати, і музей перенесли в одну з будівель парку Мар'ян. Поряд з музеєм був відкритий невеликий зоопарк, який представляв деякі види місцевих і екзотичних тварин. Для першого на території колишньої Югославії Океанаріуму поруч з будівлею музею було побудовано додаткове приміщення. Через кілька років Океанаріум був закритий і переобладнаний в невеликій тераріум. Сьогодні зоопарк в Спліті налічує понад 300 видів тварин.

Будинок у парку Мар'ян на час військових дій 1991 року була закрита з міркувань безпеки. Потім музей переїхав у фортецю Грипе, а після 1997 року знову повернувся в Мар'ян. Після 2000 року, на вимогу працівників, під потреби Музею було виділено нове простір, загальною площею близько 1156 кв. м, в якому Музей розпочав роботу в січні 2002 року.

Перед відкриттям новим директором музею була проведена реорганізація музею, переучтены колекції і додано кілька нових експозицій (наприклад, колекція опудал тварин та пернатих, відділ геології та палеонтології, ентомології, відділ хребетних і безхребетних і т. д.). Також були проведені роботи по обробці і систематизації експонатів, польові дослідження в центральній частині Далмації, численні тематичні виставки в музеї та поза його межами. Крім того, співробітники Музею беруть участь у численних наукових конференціях.

На першому поверсі музею проводяться різні тематичні виставки, а на інших поверхах розташовуються постійні експозиції. Кожен бажаючий може придбати в музеї додаткові матеріали з історії музею та місцевої природної історії.