Церква Катаріни є однією з основних церков в центрі Стокгольма. Оригінальна будівля була побудована в районі Седермальм в 1656-1695 роках за проектом архітектора Жана Валле, який вибрав для неї грецьку модель з центральною вежею в середині.

Будівництво церкви почалося в період правління короля Карла X і здійснювалося з кількома перервами впродовж 39 років із-за серйозної нестачі коштів. Церква була освячена на честь принцеси Катерини, матері Карла X, дружини Яна Казимира та зведеної сестри Густава Адольфа.

1 травня 1723 році церква разом з половиною будівель району була повністю зруйнована в результаті великої пожежі. Відновлення церкви почалося практично відразу під керівництвом Горана Ісаї Аделькранца, міського архітектора, який і звів на будівлі велику восьмикутну вежу. 17 травня 1990 року церква знову згоріла. Майже нічого, крім зовнішніх стін, не залишилося. Архітектор Ове Хидемарк відповідав за відновлення церкви, яка була знову відкрита в 1995 році. Були відлиті 4 дзвони за зразком згорілих, і церква придбала новий орган, привезений з Нідерландів. Оригінальний годинниковий механізм початку 1800-х років також був знищений пожежею в 1990 році і був замінений під час реконструкції на електронні годинники, практично не вимагають догляду.

Кілька відомих шведів поховані на кладовищі, навколишньому церква Катаріни, наприклад, міністр закордонних справ Анна Лінд і популярний голландсько-шведський співак Корнеліс Вресвик.

На сьогоднішній день церква Катаріни є однією з 43 церков у місті, яка особливо охороняється згідно з шведським Законом про історичну спадщину.