Середньовічні пам'ятники зодчества є цінною частиною архітектурної спадщини Естонії. Особливе місце займає Тартуська Яановская церква, в першу чергу завдяки декоративним деталям, зробленим з випаленої глини – теракоти. Спочатку їх кількість було понад 1000. За весь період історії церкви теракотові скульптури збереглися не всі, але все ж досить велика кількість цих фігурок цілі і ми можемо спостерігати їх в наші дні.

Хоча теракота була відомим і широко використовуваним матеріалом в середньовічному зодчестві, серед будинків, побудованих у той час, не знайдеться споруди, яка могла б змагатися з Яановскої церквою за величиною і високому рівню виконання скульптур в даній техніці. Завдяки цій особливості, церква являє собою цілком помітний архітектурний пам'ятник в масштабі всієї західноєвропейської готики.

За свою історію церква неодноразово руйнувалася і реставрувалася, але її середньовічний зовнішній вигляд легко вгадується і сьогодні. Яановская церква являє собою тринефну споруду з потужною західною баштою. Так як церква не будувалася за єдиним планом, свій остаточний вигляд вона отримала після неодноразових добудов і перебудов, а також катастроф. Точна дата початку та просування будівництва невідома. Джерела оповідає, що в 1323 році прихід або навіть сама церква вже існували. Археологічні розкопки допомогли відновити і доповнити історію церкви.

Так, наприклад, з'ясувалося, що історія спорудження церкви йде в глиб століть набагато далі, ніж це може здатися на вигляд сакрального будови. Виявлені в ході розкопок фрагменти поздовжнього дерев'яної споруди датуються 12-13 ст. За такими знахідками важко судити про зовнішній вигляд будівлі, проте точно відомо, що це був християнський храм, який існував ще до завоювання і тотальної християнізації Естонії у 13 ст.

Найімовірніше, що в архітектурному вигляді, збудованої в другій половині 14 століття церкви, виділялася потужна західна вежа. Західний портал будівлі прикрашав декоративний фронтон, в якому знаходилося 15 скульптур. В центрі композиції перебував Ісус, якого оточували Марія, Іван Хреститель і 12 апостолів. Ця композиція являє собою сцену страшного суду і моління-заступництва за людей перед Ісусом Христом Богоматері, Хрестителя і святих апостолів.

Багато були оформлені внутрішні інтер'єри церкви, особливо центральна частина. На жаль, до нашого часу збереглися лише маленькі залишки колишньої краси. Унікально оформлена головна стіна між аркадами і верхніми, віконними частинами парафіяльного приміщення. В рядах ніш, створюють ілюзорний трефолий, знаходяться сидять скульптури під балдахінами, в центрі - фігури в коронах і з скіпетрами. Зразки такого ексклюзивного оформлення головної стіни можна зустріти лише в англійській готиці. Значна роль належить теракотовим скульптур і в оформленні торцевих стін центрального нефа церковної будівлі.

Любекская каплиця, прибудована набагато пізніше, пройшла довгий і складний шлях у своєму будівництві. В результаті було споруджено двухсводчатое приміщення, яке об'єднувалося з головною навою з допомогою великого порталу.

Сильно постраждала церква під час Північної війни, а в період другої світової війни після нальоту на Тарту радянських бомбардувальників Яановская церква згоріла.

З 1989 року починається відновлення церкви. Ремонтні та реставраційні роботи, з періодичністю, велися по 2005 рік. Влітку 2005 року відбулася урочиста церемонія відкриття відновленої Яановскої церкви.