Недалеко від Юр'єва монастиря, біля витоків Волхов в надзвичайно мальовничому місці знаходиться Перынский скит Різдва Богородиці. В цьому місці в дохристиянське час і було розташоване капище Перуна, який згадується ще з 6 століття. У 989 році місто Новгород був хрещений єпископом Іоакимом Корсунянином. Тоді капище було зруйновано, а зроблена з дерева статуя бога Перуна скинули в річку. Єпископом у 995 році була збудована тут церкву на честь Різдва Богородиці, яка знаходилася тут понад 200 років, але про неї майже нічого невідомо. Скоріше всього, в цю пору був створений монастир, але перші літописи згадують про нього тільки в 1386 році: він перебував в списку монастирів, що були спалені новгородцями при наближенні військ князя Дмитра Донського.

Поява кам'яного храму Різдва Богородиці належить до 30-х років 13 століття. Основу будівлі, який дійшов до нас, становить кладка ще домонгольського часу, що представляє собою поєднання тонкого цегли і вапна – це плінфи, які були викладені на вапняковому розчині, в який була додана цегляна крихта.

Вінчає церкву хрест представлений накупольным з півмісяцем, який був типовий для домонгольського часу. Відомо, що півмісяць, розташований під хрестом, за походженням є виноградної стилізованої лозою і абсолютно не має ніякого відношення до символічного образу мусульманства, хоча має багато християнських тлумачень.

У Перынском монастирі в 1528 році була збудована дерев'яна трапезна церква Трійці. У той час, коли відбувалася шведська окупація в 1611-1617 роках монастир був розграбований і спалений. Для підтримки запустевшей церкви в 1634 році вона була приписана по царській грамоті до Свято-Юр'єву монастирю.

Протягом 1764 року при Катерині II проводилася церковно-земельна реформа. Згідно з реформою всі церковні землі були передані в руки державі, а велика частина монастирів просто закрита. Всього було 953 монастиря, з них було залишено тільки 224 в штаті, а 161 за штатом, тобто на своєму утриманні. Число ченців скоротилося більш ніж у два рази і склало близько 5 тисяч. Доходи церкви впали майже в три рази. При цьому, Перынский монастир був скасований, а його церква була перероблена в парафіяльну; усі будівлі були розібрані і перекинуті в Свято-Юр'єв монастир.

Відродження Перынского монастиря пов'язане з ім'ям архімандрита Фотія. Будучи ієромонахом в Петербурзі, Фотій був категорично не згоден і виступав проти утвореного в шарах населення містицизму, а також вчення, яке проповідував спілкування людини з Богом без участі Церкви і її обрядів. За даного роду діяльність Фотія перевели в Новгород в 1821 році. У 1822 році Фотій був призначений на посаду архімандрита Свято-Юр'єва монастиря, ким і залишався до самої смерті. За допомогою величезних коштів своїй хорошій знайомій Анни Орлової-Чесменської йому вдалося зробити повноцінну обитель. Незабаром церква Різдва Богородиці була приписана до Свято-Юр'єву монастирю. Зовнішні і внутрішні стіни храму були відремонтовані і заново підлягали розпису, а з західного боку була збудована велика прибудова, зроблена глава і відремонтовані підлоги. Як тільки був завершений ремонт, у 1828 році, церква була освітлена.

Протягом 1941-1945 років в районі Перынского скиту проходила лінія фронту, а його території були окуповані. У 1951-1952 роках були проведені археологічні розкопки на чолі з Арциховским А. В.; в цей час і були виявлені сліди стародавнього капища. Останні реставраційні роботи чекали Перынскую церква в 1962-1965 роках.

У 1991 році весь Перынский півострів з будівлями і храмом був відданий в руки Православної Російської церкви. Після того, як була здійснена остання реставрація інтер'єру Староруський Лев і Архієпископ Новгородський освятили храм 10 березня 2001 року. На даний момент церква відроджується як скит Свято-Юр'єва монастиря.