Музей має офіційну назву – Музей жертв геноциду, але при позначенні цього музею в повсякденній мові, а також при здійсненні подорожей по місту Вільнюсу найчастіше використовують назву Музей КДБ.

Музей був відкритий 14 жовтня 1992 року за наказом Міністра освіти і культури, а також президента спілки політичних засланців та в'язнів. Музей був розміщений в будівлі, в якому радянські репресивні структури - НКДБ-МДБ-КДБ та НКВС – були розташовані з середини 1940-х років і до серпня 1991 року. Ці організації займалися складання планів арештів або ж посилань жителів Литви, здійснювали преследовательскую діяльність інакомислячих, а також всіма способами придушували всі вжиті народом прагнення до спроби відновити втрачену незалежність.

Крім того, для литовського народу дана будівля служила символом радянської окупації Литви, що сталася 50 років тому. З цієї причини для литовців дуже важливо, що саме на цьому місці знайшов своє місце Музей жертв геноциду, який повинен буде нагадувати нинішньому і майбутньому поколінню про настільки трагічних і важких роках для всього народу (1940-1990 року). Музей сам по собі унікальний ще і тим, що є єдиним у своєму роді в колишніх так званих республіках СРСР, який був відкритий там, де раніше до цього було розташоване головне управління КДБ.

До 1997 році музей було реорганізовано. Права засновника цього музею були віддані Центру дослідження геноциду і резистенції жителів Литви (ЦИГРЖЛ) відповідно з урядовою постановою Литовської Республіки від 24 березня 1997 року. Постанова носило назву: «Про передачу Центру досліджень репресій та Музею жертв геноциду і резистенції жителів Литви».

На даний момент музей є складовою ланкою Меморіального департаменту згаданого Центру. Його завданням є збір, зберігання, дослідження і пропагування історико-документальних матеріалів, які відображають методики і форми не тільки фізичного, але і духовного геноциду литовських мешканців, проводиться радянським окупаційним режимом. Крім цього, розглядаються масштаби і способи опору окупаційному режиму.

Музейна експозиція була розміщена у тому приміщенні, яке стало символом страждань і горя для величезної кількості литовських жителів, де в 1940-1990 роках знаходилася штаб-квартира КГБ. За рогом звичайного міського будівлі була розташована в'язниця. Кожен день у неї сотні політичних в'язнів були піддані жорстоким катуванням, а також засуджували до смертної кари, яка проводилася в цьому ж місці.

У роботі Музею має місце виставки: Литва в 1940 і 1941 роках. У той час як починалися репресії. У 1940 році радянські війська вторглися на литовську територію. Країна була наповнена опозиційно налаштованими людьми. Саме з цієї причини найпершим кроком радянської влади було створення інститутів, що займалися проблемами інакомислення в цій країні. На той момент каральні органи НКВС вже накопичили достатньо багатий досвід по боротьбі з незадоволеними цим радянським режимом громадянами. Тільки у липні місяці 1940 року більше п'ятисот литовських патріотів, колишніх представників влади та інтелігенції були піддані арешту.

Відвідувачі музею можуть подивитися на 19 колишніх камер, ізолятор у 3 кв. метри, а також три камери тортур. Камери знаходились в сирому стані і зовсім не опалювалися. Крім того, в одній камері на 9 кв. метрів відразу перебувало до двадцяти ув'язнених, яким суворо було заборонено не тільки сидіти і лежати, але і закривати очі. Камери тортур були оббиті спеціальним зкуконепроницаемым матеріалом, який поглинав гучні крики жертв, яким наносили важкі удари кати. Але найстрашнішим було те, що люди, яким забороняли спати в темряві і сидіти тільки в повній звукоізоляції, починали втрачати орієнтацію в просторі і просто сходили з розуму. Підлоги так званих «мокрих» камер заливалися холодною водою, при цьому, ув'язнених змушували стояти на дисках з металу, не даючи спати їм цілодобово.

В музеї працюють екскурсоводи, які були в минулому політв'язнями. Кожен гід завжди показує свою камеру.