Спочатку споруди архієрейської резиденції були дерев'яними, а двір було обнесено парканом з дерева і кількома воротами. В середині 17 століття над воротами була збудована Трехсвятная домова церква. До середини 17 століття в резиденції архієреїв з'явилися всі необхідні для єпархіального адміністративного центру приміщення. Тут знаходилися «казенні», «хрестові», архієрейські келії, «липка» церква, «ворітна» хата та численні підсобні приміщення. Всі ці дерев'яні будівлі не один раз перебудовувалися, про що можна судити по різним документальним архівів, наприклад, за писцовой вологодської книзі 1627 року.

Під кінець 1650-х років з'явилася перша кам'яна будівля, яка належала Архієрейського дому, – Экономский корпус, де розташовувалися казначейські та казенні келії. Друге кам'яна будівля єпархіального двору отримало назву Симоновского корпусу або Архієрейської палати, що має одноглавую димову церква Різдва Христового. Корпус був названий на честь архієпископа Симона, за життя якого і був він збудований протягом 1669-1671 років. Протягом 17 – першої половини 18 століття Симоновський корпус вважався найбільш розкішним будинком єпископської резиденції, а також всієї Вологди. Пізніше збудовані прибудови тільки спотворили не тільки зовнішній, але і внутрішній вигляд цієї споруди. За результатами реставрації 1960-х років в деякому роді був частково відновлений раніше існував розкішний архітектурний вигляд фасадів будівлі. Навіть зараз Симоновський корпус вважається унікальним зразком цивільної архітектури другої половини 17 століття.

Відразу після того, як був збудований Архієрейський двір, він був обнесений високими стінами, зробленими з каменю, які нерозривно пов'язувалися з поруч розташованими господарськими прибудовами. Дивно висока огорожа з бійницями та критими переходами по внутрішній стороні нагадує фортецю, незважаючи на те, що ніколи не піддавалася нападу ворожих військ. Даного роду атрибути кріпосного зодчества несли в собі чисто символічний характер. Зведення таких потужних стін було викликано тільки ідеологічними завданнями прославлення і возвеличення церкви і архієрея. Воздвиження парадних і великих резиденцій для духовних властей особливо типово для кінця 17 століття.

З часом у Архієрейському дворі з'являлися все нові споруди, а також надстраивались і перероблялися колишні. Більшість будівель всередині двору тісно пов'язані зі стінами, що створює ілюзію єдиного цілого і представляє чималий інтерес з точки зору збережених унікальних зразків 17 століття.

В кінці 17 - початку 18 століття з'явилося нове приміщення – Гаврииловский корпус, який з південного боку примикав до архієрейським палатам. Незабаром після його побудови, у східній частині двору було прибудовано і функціонально значуща будівля – Безіменний корпус, в якому розташовувалася казначейська і казенна келії. У 17 столітті Гаврииловский корпус був перейменований в Иринеевский.

У 1740-х роках з'явилися і кам'яні одноповерхові комори, розташовані перпендикулярно до Симоновскому корпусу. Внаслідок цього, корпус був сильно видозмінений, що вплинуло і на фасад будівлі, раніше виконаний фігурними наличниками.

Таким чином, всі архітектурні споруди, які беруть участь в ансамблі, зіграли дуже важливу роль в образі гармонійного Архієрейського подвір'я. Крім того, саме в цьому архітектурному ансамблі можна побачити і дивовижне змішання архітектурних стилів супутніх трьох століть. На даний момент в колишній Архієрейський двір ведуть два входи: один розташований у північній частині кам'яної огорожі, веде до Консисторскому дворику, а другий знаходиться в прольоті між дзвіницею і Воскресенським собором.