Найбільш великим музеєм всього півночі області вважається Вологодський державний історико-архітектурний і художній музей-заповідник, який входить до складу найдавнішого ансамблю пам'яток 16-19 століть при Вологодском Кремлі. Історичний розвиток музею починається з 19 століття. Першим музеєм, який був відкритий в місті, став «Петровський будиночок», що почав свою роботу в 1885 році. На протязі 1896 року у Вологді було відкрито єпархіальне Древнехранилище, а в 1911 році відбулося відкриття картинної галереї та Музею родиноведения. 13 березня 1923 року згідно з рішенням Вологодського губвиконкому всі діючі музеї були об'єднані в один, який отримав назву «Вологодський Державний об'єднаний музей». За постановою Ради міністрів від 1988 року був офіційно заснований Вологодський державний історико-архітектурний і художній музей-заповідник.

Фондові колекції Вологодського музею налічують більше 450 тисяч експонатів. Колекція культової різьби і дерев'яної скульптури відрізняється великим географічним обхватом. Експозиція представляє статуарну, киотную, иконостасную скульптуру, дрібну пластику 16-19 століть, а також декоративну різьбу втрачених міських іконостасів. У музеї розташована одна з найбільш унікальних колекцій, присвячених давньоруської живопису, налічує близько 4-х тисяч експонатів. У ній представлені: «Трійця старозавітна», ікона «Дмитро Прилуцький» і «Успіння», що відносяться до 15 століття.

У музеї є збори олійного живопису, в якій важливу роль займають провінційні світські і клировые портрети 18-19 століття, які тісно пов'язані з парсунской мальовничій традицією, а також живописом мініатюрного портрета 19 століття. Графічна колекція характеризується унікальними експонатами іноземній графіки, які були отримані з місцевих дворянських садиб. У колекції представлені роботи Н.А. Дмитрівського, Р. Н. Бурмагіна, В. І. Пчелина.

Найповнішу колекцію тканин складають етнографічні зібрання, які вказують на особливості народного костюма практично всіх районів Вологодської області. Колекція має зразками одягу 17-20 століть, наприклад, жіночий старообрядницький костюм, складений з блузи, сорочки, головний хустки і предметів релігійного культу. Музей налічує близько 3500 одиниць: селянське мереживо, золотное мереживо, вироби радянського часу.

Колекція побутового дерева представлена колекцією прялок не тільки Вологодської, але і Архангельської областей. Тут є колекція знарядь скотарства, землеробства, льонарства, а також різних інших промислів. Збори кераміки має 4 тисячі предметів і відображає колекцію великоустюжских кахлів і порцеляни, посуду і предметів гончарної майстерні.

В археологічному фонді зберігаються колекції і предмети, що характеризують розвиток суспільних відносин і виробничої культури мезоліту та середньовіччя. Також музей має колекціями нумізматики, фотографій та негативів, виробів з перлів, металу і книжковим фондом.