Археологічний музей міста Ханья розміщується в будівлі колишнього венеціанського Собору Святого Франциска в центрі старого міста по вулиці Халидон. Музей був заснований у 1962 році. Артефакти, виставлені в музеї, дають відвідувачам гарне уявлення про розвиток історії західного Криту від доби неоліту і до римських часів.

Коли було побудовано будівлю достовірно невідомо, хоча є письмові свідчення про великий землетрус 1595 року, в яких згадується церква Святого Франциска. Сьогодні будівля музею є важливою історичною пам'яткою міста. В період османського панування церкву перебудували в мечеть і назвали в честь Юсуф Паші, завойовника Ханьї. На рубежі 19-20 століть в будівлі розміщувався кінотеатр «Ідеон Андрон». Після Другої Світової Війни аж до 1962 року (коли будівлю було передано Археологічного музею) тут знаходився склад військової техніки. Археологічна колекція Ханьї раніше розміщувалася у різних громадських закладах (Адміністрація, Гімназія для хлопчиків, мечеть Хасана).

В музеї зібрана значна колекція мінойських і римських артефактів зібраних з археологічних розкопок міста Ханьї і всього регіону. Експозиція музею представлена в хронологічному порядку і включає кераміку, скульптури, статуетки, зброя, золоті прикраси, печатки, монети, саркофаги і інші похоронні артефакти, мозаїку, глиняні таблички з написами і багато іншого.

Серед величезного розмаїття музейної експозиції варто виділити римський мозаїчна підлога з зображенням Діоніса і Аріадни (2-3 століття н. е..). Важливе місце в колекції музею також займають глиняні таблички з лінійними письменами (1450 – 1300 р. до н. е.). Цікавий розписний саркофаг (1400-1200 рр. до н. е.) з мінойського акрополя Армени і бюст римського імператора Адріана.

У 2000 році Костянтин і Марік Митсотакисы передали в дар Археологічного музею міста Ханья величезну приватну колекцію своєї сім'ї, яка становить третину всієї експозиції музею і багата рідкісними історичними реліквіями.

Відвідавши Археологічний музей міста Ханья, можна поринути в атмосферу стародавнього міста, простежити, як змінювалися спосіб життя і традиції мешканців західного Криту, як удосконалилися їх знання і майстерність.