Єврейський музей розташований у будинку Вертхаймер, історичній будівлі, названим на честь угорського рабина Самсона Вертгеймера (1658-1724). Рішення про заснування єврейського музею в Айзенштадті було прийнято в 1969 році на форумі Інституту єврейських досліджень при Віденському університеті. Музей був відкритий трьома роками пізніше, в 1972 році.

Єврейський музей розташувався на площі майже 1000 кв. метрів і розділений на кілька виставкових залів.

Під час відвідування музею можна побачити приватну школу, розташовану на першому поверсі будівлі. Ця маленька синагога є однією з небагатьох, яка не постраждала під час «Кришталевої ночі» (або «Ніч розбитих вітрин») в листопаді 1938 року. Це була перша така масштабна атака нацистів на євреїв. В ту ніч пройшла масова хвиля єврейських погромів на території Третього Рейху, було знищено 267 синагог, вбито 91 єврей, сотні поранено і покалічено, тисячі зазнали принижень і образ, більше 30 тисяч були відправлені в концтабори.

Також, музей пропонує ознайомитися зі своєю постійною експозицією, що дає вичерпне уявлення про життя єврейської і про історію євреїв в Бургенланді. В кінці експозиції знаходиться вражаючий меморіальний зал, створений у пам'ять про сім відомих єврейських громадах Бургенланда.

Також у музеї є бібліотека, яка містить понад 10000 томів. Частина книг знаходяться в постійній експозиції музею, в основному, це книги 18 століття. Крім того, в бібліотеці представлена велика колекція факсимільних видань відомих книг. Особливої уваги заслуговує цінне зібрання книг на ідиші.

Музей знаходиться в районі Унтерштадт (Нижнє Місто), де з 1670 року оселилися близько 3000 євреїв, вигнаних з Відня. Недалеко від музею знаходяться два старих єврейських кладовища.