Музей Авейру був заснований в 1911 році і знаходиться у старовинному приміщенні колишнього домініканського монастиря Ісуса. Монастир був побудований в 1458 році. Фасад будівлі, який ми бачимо сьогодні, датується XVIII століттям. У будинку три входи з красивими фронтонами, а центральний фронтон будівлі прикрашає королівський герб. Поруч із входом стоїть пам'ятник Святій Жуана (Івана).

Атріум колишнього монастиря тепер використовується як вестибюль музею. Зберігся будинок капітула, де проводилися збори, і церква, що датується XV століттям, з колонами в стилі Ренесанс, а також кілька капел в стилі мануеліно, декорованих плиткою «азулезуш». Інтер'єр головної капели церкви прикрашають роботи з дерева з позолотою XVI століття. Стіни оздоблені плиткою «азулезуш», на якій зображені сцени з життя Святої Жуани, також висять картини, на яких зображена ця свята.

У нижній капелі, де літургія служилась, стоїть гробниця, в якій покоїться прах принцеси Жуани, дочки короля Афонсу V. Гробницю почали будувати за наказом короля Педро II, але прах принцеси туди перенесли тільки в 1711 році. Гробниця прикрашена різнокольоровою мозаїкою, зробленої з італійського мармуру. Кожна сторона гробниці прикрашена панно з зображенням сцен з життя принцеси, стеля капели виконаний у стилі бароко. Над дизайном гробниці працював королівський архітектор Мануель Антунеш.

Принцеса Жуана прийняла чернечий постриг в 1472г. і жила в цьому монастирі аж до своєї смерті в 1489 році. Вона славилася своєю чеснотою, і, згідно з легендою, з нею були пов'язані деякі чудеса. У 1673 її зарахували до лику святих як Святу Жуану.

Музей зберігає багату колекцію картин, скульптур, кахлів, меблів, керамічних виробів епохи бароко.