У Кіото налічується приблизно 1600 буддійських храмів, у тому числі п'ять з них іменуються великими. У 1386 році контроль над п'ятьма великими храмами (Кіото Годзан) був переданий храму Нандзэн-дзі, і з тих пір він знаходиться в самому центрі японського дзен-буддизму. Святилище є головним храмом напрямки Нандзэн-дзі школи Ріндзай. Його історія почалася з зведення вілли, яку побудували для імператора Камеямы в XIII столітті, а той у 1293 році перетворив її в буддійський храм.

Будівлі храмового комплексу Дай-ходзьо (будинок настоятеля) і Ко-ходзьо виконані в архітектурному стилі синден-дзукурі і є національним надбанням Японії. Перегородки в цих приміщеннях прикрашають живописні роботи художника Кано, в тому числі відомий сюжет «Тигр, що п'є воду».

На воротах ансамблю Санмон зображені сцени з постановки театру кабукі про японському легендарному ніндзя - Ісікава Гоэмоне. Висота воріт становить 30 метрів, з їх тераси відкривається чудовий вид на гору Хиэй. До храму ведуть ще одні ворота – Хатто.

Один з малих храмів ансамблю Нандзэн-дзі - Тэндзюань - був побудований в пам'ять про засновника Дайминкокуси в 1336-1337 роках. Багато будівлі комплексу були зруйновані під час бойових зіткнень, але відновлені до початку XVI століття і в такому вигляді збереглися до теперішнього часу.

На території храмового комплексу розташовані два саду. Східний сад каменів знаходиться перед головним залом. Його камені нагадують тигрів і пустуючих тигренят. Південний вважається садом для прогулянок, в його центрі розташовані два водойми. Зовнішність обох садків залишається практично незмінним з XIV століття. До комплексу веде акведук у західному стилі.

Храм також відомий тим, що в 1937 році тут відбулася, мабуть, найдовша партія в сьоги, длившая тиждень. Сеги являє собою логічну гру шахового типу і також називається «грою генералів». Партія між Есіо Кимурой і Санкити Санкатой отримала назву «Битва в Нандзэн-дзі».