Ще одна визначна пам'ятка Кордови - церква Сан-Франциско, яка відноситься до числа так званих «фердинандовских» церков, що отримав таку назву через те, що вони були одними з перших християнських церков, побудованих в Кордові після відвоювання її у маврів королем Фердинандом III. Колись церква була частиною зведеного в 13 столітті монастиря Сан-Педро-ель-Реаль. Монастир, що належав францисканським релігійним громадам, був досить великим для того часу і мав великий вплив на релігійне життя міста. Відомо, що в 17 столітті там проживало сто монахів, а найбільшого свого розквіту і впливу він досяг у 18 столітті. Але на початку 19 століття під час наступу наполеонівських військ монастир був зруйнований, при цьому церква Сан-Франциско дивом вціліла.

Спочатку створене в готичному стилі, сьогодні будівля церкви Сан-Франциско лише частково нагадує оригінальну будову. Протягом 18 століття будівлю кілька разів реставрувалася і в його фасадах з'явилося багато елементів в стилі бароко, істотно змінили середньовічний вигляд храму.

На сьогоднішній день церква Сан-Франциско є не тільки однією з найдавніших, але і однією з найбагатших церков Кордови. Тут зберігається безліч культурних цінностей, накопичених з середньовічного періоду. Тут також знаходиться цікава колекція картин кордовських художників 18 століття. Окремої уваги заслуговує і прекрасна старовинна меблі, розташована у приміщеннях храму.