Сучасна церква Миколи Чудотворця з'явилася в 17-18 столітті в селі Вегорукса. Маленька глава церкви, її п'ятигранна апсида і простора трапезна особливо типові для особливого заонежского зодчества, але, незважаючи на це, немає місця в Заонежье, де була б розташована настільки значна потужна дзвіниця. Саме вона панує над церквою, завдяки чому Микільська церква набула ще й значення маяка, який видно на відстані багатьох кілометрів.

На початку 15 століття село Вегорукса перебувала у володінні багатого новгородського боярина Ф. Глухова, а до 16 століття на цьому місці вже існувало кілька сіл, які об'єднані під загальною назвою Вегорукса. Цей об'єкт був особливо важливим населеним пунктом на найдавнішому шляху, що проходить із Новгорода до Білого моря. Кораблі з Шуі пливли по Онезькому озеру прямо в Вегоруксу, звідки шлях йшов по суші до знаменитої Великої Губі, а далі - на північ. З цієї причини церква Миколи Чудотворця була не тільки спорудою культури, але і була своєрідним маяком.

До середини 18 століття були збудовані шатрова дзвіниця, що стояла окремо, і двочастинна клетская каплиця, які були з'єднані між собою своєрідним переходом. Ближче до 1889 році каплиця стала церквою: з'явилася прибудова вівтаря, а також приміщення дзвіниці і церкви були з'єднані новим вирубаним переходом; зовнішні стіни були оббиті тесом, а голови і даху були покриті залізом; внутрішні стіни були витесані, розміри прорізів були змінені.

Сама будівля являє собою дерев'яну споруду, створену з колод. Трапезна, храм і перехід покриті в два ската, а дах вівтаря являє собою пятискатную поверхню. На ковзанах встановлені спеціальні розділу з розташованими на них хрестами. Завершення дзвіниці має високий кроквяний намет, який також увінчаний банею. Вісімка і полицы шатра виконані з червоного тесу з закінченням у вигляді списа.

Що стосується інтер'єру церкви, то при погляді на нього, він відразу вражає пишністю, блиском і декоративної завантаженістю. Стелі являють собою равновысокие і плоскі поверхні, а стеля в частині, призначеної безпосередньо для храму, трохи вище в порівнянні з іншими приміщеннями. Двері, що ведуть з сіней прямо в трапезну, двухпольная з склінням і накладними деталями. Стіни обшиті тесом, а їх площини трохи вище цоколя і розчленовані особливими пілястрами, які прикривають кути і переруби. Церква Миколи Чудотворця має великі вікна, здвоєні в зоні сіней храму і трапезної. Яруси дзвіниці висвітлені маленькими вікнами, розташованими по одному із західної та південної сторін. Вікна оформлені простими рамковими наличниками. Перший ярус дзвіниці має широкі сходи, яка веде в сіни. Храмова і трапезна частини з'єднуються широким отвором, що завершуються оформленням у вигляді арки. Вівтар відділений різьбленим іконостасом, виконаним у три яруси, з перспективним порталом царських воріт. Сам іконостас і царські ворота привертають увагу яскравою позолотою. Різьба має невисокий рельєф і невеликий обсяг.

Стіни Микільської церкви прикрашені великою кількістю ікон, а «небо» прикрашене дивовижної краси розписом, яка відмінно поєднується з буденно простими дерев'яними стінами. Відомо, що в будівлі церкви знайшлося кілька особливо цінних і стародавніх ікон, виконаних майстрами 14-15 століття. Ікони розміщувалися не в невеликій за розмірами іконостасі, а на стінах трапезної частини храму. Скоріше всього, ці ікони збереглися від раніше розташованих тут місцевих церков, будівлі яких їх перенесли в новозбудовану церкву. Найбільш ранньою з ікон є ікона під назвою «Апостол Павло», яка була написана в 14 або початку 15 століття прославленим місцевим майстром. Крім цього знайденого цінного твору, були виявлені і роботи відомого новгородського митця, що жив в 15 столітті. Ікона містить зображення трьох святих і Богоматері. Ця ікона становила всю середню частину маленького тристулкового складення, який брався з собою у давнину в дорогу. Унікальна ікона була привезена в це місце у «новгородського» час.