Перший університет в Печі з'явився в 1367 р. в якості однієї з найстаріших у Центральній Європі короля Людовіка Великого, вона пішла під час турецької окупації. У 1921 році колишнього Угорського університету в Братиславі (ньому. Братиславу, угорська : Пожонь ) переїхав в Печ, це результатом1982 Janus Паннониус університету ( Janus Паннониус Tudományegyetem, JPTE ).

Перший університет в Печі був заснований Людовіком I Угорщини в 1367. Проіснувавши як єдиний освітній центр декілька десятиліть, в середині 15 століття він розділився на дві школи - юриспруденції та теології. Під час турецької окупації університеті був закритий, і відкрив свої двері лише в 1785 році, коли Йосип II перемістив Королівську Академію з Дьера в Печ. У 1802 році Королівська Академія повернулася в Дьйор за наказом Франциска I, і закладів вищої освіти в Печі не було до 1833 року, коли єпископ міста Печ під егідою міського сенату заснував у Печі Академію з факультетами правознавства та філософії.

Сучасний університет міста Печ був заснований в 1912 році і спочатку знаходився в Пожонь (нинішня Братислава). Після Першої світової війни Пожонь був анексирован від Угорщини, і в 1921 році університет переїхав в Печ, де він залишається і донині. У 1951 році медичний факультет університету був відділений, та до 2000 року був окремою установою. У 1982 році університет отримав ім'я Януса Паннониуса. Справжній університеті міста Печ був створений 1 січня 2000 року, шляхом злиття університету Януса Паннониуса, Медичного університету міста та педагогічного коледжу.