Базиліка, споруджена ще Костянтином, пережила набіги і грабежі вандалів Генмерика, сильно постраждала від землетрусу 896 року і численних пожеж. Протягом століть вона не раз перебудовувалася і реставрувалася за участю таких архітекторів, як Джованні ді Стефано, Франческо Борроміні і Алессандро Галілеї, який у 1735 році повністю перебудував фасад.

Базиліка Сан Джованні ін Латерано - це потужне архітектурне спорудження монументального коринфського ордера. Трохи виступає вперед центральний корпус прикрашений балюстрадою, яка оживляє весь собор, надаючи йому яскраво виражену барочну забарвлення. Над балюстрадою підносяться колосальні статуї Христа, Іоанна Хрестителя Іоанна Євангеліста і Вчителів Церкви. До церкви ведуть п'ять входів з лоджіями над ними. Останній вхід праворуч відомий під назвою Порту Санта (Святі Ворота) і використовується лише за церковним святам.

Основна частина собору датується 1589 роком, але деякі споруди збереглися з давніх часів, наприклад, Скала Санта (Священна сходи), на якій Христос підіймався на суд Пілата.

Величний інтер'єр представляє в плані латинський хрест з п'ятьма нефами. Розкішний стелю імовірно був розписаний Пирро Лигорио. Уздовж стін йдуть статуї Пророків, Святих і Апостолів, виконаних за ескізами Борроміні його учнями в XVIII столітті. Там, де центральний неф перетинається з трансептом, знаходиться серце готичного собору - скинія, виконаний Джованні ді Стефано. В папському вівтарі зберігається дорогоцінна реліквія - груба дерев'яна дошка, що служила Св.Петру для здійснення обряду богослужіння в катакомбах.