Історично склалося так, що з моменту заснування Санкт-Петербурга саме на Василівському острові оселилося багато німців-протестантів (лютеран), тому для потреб досить великий громади віруючих в 1729 р. в дерев'яному будинку освятили молитовний зал. Згодом на цьому місці побудували церкву з дерева, яку освятили у 1744 р. на честь св. Петра. Кам'яну церкву, що збереглася до нашого часу, побудували в 1771 р. за проектом архітектора Фельтена, в характерному для нього стилі раннього класицизму і освятили на честь св. Катерини. Імператриця Катерина II внесла чималий внесок на її будівництво – близько 2000 рублів.

Євангелічно-лютеранська кірха Святої Катерини – двоярусна, тринефна, розділена колонами коринфського ордера. Головний фасад прикрашає високий купол з хрестом, встановлений на південній частині будівлі. Вівтар прикрашений репродукціями «Таємної вечері» з оригіналу Рубенса і «Воскресіння» з оригіналу Ванлоо. До речі, вівтар в лютеранській церкві, на відміну від православного храму, не закрите від парафіян іконостасом, що символічно показує відсутність перешкоди між Богом і людьми, завдяки спасительної жертви Ісуса Христа.

Лютерани не поклоняються іконам, статуям та зображень Господа, Божої Матері, святих і ангелів, але прикрашають ними свої храми, вважаючи, що вони служать збудування і настанови віруючих. Тому на стінах церкви можна побачити оригінали Гриммеля «Розп'яття» і «Спокуса " Адама», а в самому приміщенні – мармурові статуї Спасителя, свв. Петра і Павла.

Церкву перебудовували з метою розширення на 200 місць у 1902 – 1903 рр. Роботами керував архітектор Машнер. Було вирішено з боків будівлі в напрямку від портика прилаштувати додаткові приміщення й сходи, що дещо змінило і прикрасив будівлю. До початку XX століття громада лютеран становила близько 8000 чоловік, в прихід були включені будинок престарілих, притулок для сиріт, чоловіча і жіноча гімназії, початкові школи.

У 1930-х лютеранський прихід був розформований, церкву закрили для віруючих у 1935 р. (в ній поперемінно розміщували і Клуб гірників, і філіал НДІ «Гідропроект», і Будинок дитячої та юнацької творчості) і лише в 1990 р. повернули громаді віруючих. У 1991 р. фасад церкви пофарбували бежевою фарбою, повернувши задуманий архітектором вигляд. Лютеранське богослужіння супроводжується виконанням Протестантських хоралів та органної музикою. Причому музику для супроводу лютеранських богослужінь писали найвідоміші німецькі композитори: від Міхаеля Преторіуса і Генріха Шютцадо до Йоганна Себастьяна Баха.

Кірха Св. Катерини цікава не тільки своєю архітектурою, але і унікальним органом, є самим великим механічним органом Петербурга. Історія органу парафії Св. Катерини непроста - в 1852 р. при одному з ремонтів (коли зробили хори) був змонтований орган фірми Метцель (Регенсбург), в 1903 р. на його місце встановили орган фірми Валькер, який в 1953 р. був перенесений в Маріїнський театр. У 1998 р. в церкві був змонтований орган на 17 регістрів і 2 мануала відомої німецької фірми Зауер. Унікальність приміщення і чудова акустика кірхи Св. Катерини дають воістину неповторний і насичений звук – не дарма в будівлі церкви з 1972 р. розміщувалася студія звукозапису «Мелодія».

В церкві Св. Катерини по середах і неділях традиційно проводять концерти органної музики, на які запрошуються всі бажаючі послухати цього «Короля музичних інструментів». У неділю, поряд з органом, можна почути і інші музичні інструменти. Богослужіння у супроводі органу проводяться за прийнятим у Європі лютеранського чину (посередині концерту пастор вимовляє невелику проповідь).