Базиліка Санто Ніньо, розташована в місті Себу, столиці однойменного острова, є найстарішою римо-католицькою церквою Філіппін. Будівництво церкви почалося в 1565 році під керівництвом монаха-августинца Андреса де Урданеты. Згідно з легендою, місце для зведення базиліки було обрано не випадково – саме тут, в центрі нинішнього Себу, іспанці в 1565 році знайшли зображення Немовляти Ісуса, привезене на острів Фернаном Магелланом кількома десятиліттями раніше.

Перша базиліка була побудована з глини і дерева. У 1735 році губернатор провінції Себу Фернандо Вальдес Тамон наказав побудувати на цьому місці новий будинок, на цей раз з каменю. Будівництво було завершено в 1739 році. Архітектурною особливістю церкви стало органічне поєднання трьох стилів – мусульманського, романського і неокласичного. Два століття потому, в 1965 році, під час святкування 400-сотої річниці християнізації Філіппін Папа Римський Павло VI дарував церкві статус «малої базиліки». Досі Базиліка Санто Ніньо знаходиться у володінні Ордена Святого Августина.

Всередині базиліки організований невеликий музей, присвячений історії християнізації острова Себу. Тут можна побачити предмети антикваріату, в тому числі старовинні меблі, одяг священиків, статуетки та інші речі. Цікавою частиною колекції музею є численні іграшки, піднесені в дар Немовляті Ісусу.

Сьогодні відвідати Базиліку Санто Ніньо приходять не тільки численні віруючі, але і туристи. Для того, щоб вмістити усіх відвідувачів, на території церковного подвір'я був побудований так званий «паломницький центр».