Свято-Микільська церква розташована на вулиці Шевченка. Будівництво церкви було розпочато в 1777 р. завдяки ініціативі головнокомандувача Таганрозьким портом і Азовською флотилією контр-адмірала Ф. А. Клокачева. Освячення храму відбулося в 1778 р. Першим настоятелем церкви став Ісидор Ляхницький, священик з Воронезької єпархії. Побутує легенда, що храм був побудований на тому місці, де розміщувалася намет Петра I, коли він уперше прибув на Таганий Ріг. Будівництвом церкви займалися моряки, членами її були в основному місцеві рибалки.

У 1845 р. до храму прибудували трехярусную цегляну дзвіницю і впорядкували прилеглу територію. Через деякий час до приделу була прибудована трапезна. У 1865 р. староста Микільської церкви Смирнов клопотав перед управлінням міста про безоплатне виділення земельної ділянки під будівництво будинку, в якому містилася квартира і школа причту. У 1855-1856 рр. в ході Кримської війни місто піддалося артилерійському обстрілу, про що свідчать бомби, застряглі в північній стіні Свято-Микільської церкви. У 1941 р. в період Великої Вітчизняної війни дерев'яна частина храму повністю згоріла. А в 1957 р. були підірвані верхні яруси дзвіниці.

На початку 1990-х рр. завдяки державному фінансуванню і старанням настоятеля А. Ф. Клюнкова на місці згорілої церкви відновили дзвіницю і нове цегляна будівля храму з адміністративними приміщеннями. Внутрішнє планування була зроблена таким чином, щоб при необхідності будівлю можна було використовувати для богослужінь.

На сьогоднішній день Свято-Микільська церква - справжній центр православної освіти і духовності. Храмовий комплекс складається з трьох об'єднаних у загальний ансамбль частин і є пам'ятником історії і культури XVIII ст. При церкві працює недільна школа для дітей і дорослих.