Перший камінь собору Богоматері Переможної заклав Великий Магістр ордена іоаннітів Жан Парізо де Ла Валетт в честь перемоги мальтійських лицарів у Великої облоги 1565 року. Під цим каменем тоді поклали спеціально викарбувані на честь цієї події срібні та бронзові медалі й аркуш пергаменту з текстом, призначеним для нащадків, в якому була вказана дата – 8 березня 1566 року. У XVIII столітті церква була перебудована у бароковому стилі, а в 1753 році до неї прибудували дзвіницю.