Церква Ла Матріз знаходиться в місті Вальпараїсо, в самому серці району міського порту, так званого історичного центру міста, в оточенні мощених вулиць і будинків кінця XIX століття.

Перша будівля церкви була побудована на цьому місці в 1559 році у вигляді скромної каплиці для жителів маленького села і екіпажів суден, що зупиняються регулярно в порту Вальпараїсо. Її стіни були зроблені з необпаленої цегли, покриті солом'яним дахом. У 1578 році будівлю храму було спалено піратами Френсіса Дрейка. В 1620 році на цьому місці був побудований новий храм, освячений на честь Богородиці, чий образ з'являється в гербі міста. Всередині церкви знаходився образ Христа, відправлений в Сантьяго королем Іспанії Пилипом II у 1630 році, який помилково опинився в цій церкві.

Будівля церкви знову було сильно пошкоджено і згодом відновлено після руйнівного цунамі 1730 року. У 1822 році після чергового землетрусу було вирішено розпочати нове будівництво, що привернуло в місто велика кількість багатих сімей і збільшило обсяги містобудування в Вальпараїсо.

Будівництво цієї церкви було розпочато в 1837 році і завершено в 1842 році під керівництвом священика Хосе Антоніо Риобио. Церква з трьома нефами і прямокутним склепінням увінчана восьмикутної вежею зі шпилем і виділяється своїм гармонійним головним фасадом. Вісім колон оточують вежу, де знаходяться дзвони. Всередині церкви три нефи розділені аркадами, стіни облицьовані деревом, прикрашені фресками і ліпниною.

Стиль класицизму чітко проглядається у фасаді та вежі церкви. У всьому іншому - у великих, товстих глинобитних стінах і загостреним даху - присутній креольський стиль XVIII століття.

У 1900 році Вальпараїсо був присвячений Пресвятому Серцю Ісуса, що уособлює урочиста статуя на довгій площі перед церквою Ла Матріз. За останнє століття церква кілька разів ремонтувалася після землетрусів 1971 та 1985 року. Після останнього землетрусу в лютому 2010 року були проведені нові реставраційні роботи протягом 2012 року. Тому церква Ла Матріз сьогодні знаходиться в хорошому стані.

Церква Ла Матріз була оголошена національним пам'ятником Чилі в 1971 році.