Найважливішим і головним бажанням Пушкіної Варвари Олексіївною було збереження реліквій, які залишилися після смерті Олександра Сергійовича Пушкіна. Її чоловік теж помер, і вона вирішила перетворити садибу Маркучяй в будинок пам'яті про великого поета в місті Вільнюс. У 1935 році у своєму заповіті вона висловила свою волю, адже саме воно послужило приводом для створення і відкриття музею.

У своєму заповіті Варвара Олексіївна відписала свою садибу в Маркучае з меблями і інвентарем Виленскому російському суспільству, якому доручила відкрити музей в маєтку імені А. С. Пушкіна і вести його справи.

Після її смерті власники маєтку взялися за виконання заповіту. Спочатку планувалося вирішити всі питання по ліквідації боргів маєтку, а потім приступити до основи музею. Але духовнику Разимову так і не вдалося здійснити задумане, так як Литва поміняла свій суспільний лад, а також форму власності, тому припинило свою дію Віленське російське суспільство. Маєток Маркучяй було націоналізовано. Далі питанням збереження пам'яті А. С. Пушкіна стало займатися уряд Литовської РСР, яке в четвертому десятилітті заснувала музей в пам'ять про поета.

Протягом 1940-1949 років музей працював як установа Культурно-просвітницького відділу при міністерській раді Литовської РСР. З 1949 по 1955 року він відійшов у руки Литовської Академії наук, а в 1955-1984 роках належав міністерству культури. В період з 1984 по 1986 роки в музеї був проведений капітальний ремонт, після чого музей став належати Вільнюського Управління культури. З 1990 року музей імені А. С. Пушкіна знаходиться в руках Вільнюського міського самоврядування.

Як відомо, А. С. Пушкін не бував у Литві, але з цією країною його з'єднують літературні та біографічні зв'язку: тут у маєтку Маркучяй жив його брат Григорій з дружиною Варварою, а Петро I хрестив його прадіда Ібрагіма Ганнібала.

Експозиція музею знайомить відвідувачів з історією перекладів, а також перекладачами творів поета на литовську мову. Можна дізнатися про театральних постановках за мотивами творів Пушкіна в Литві.

У вітринах музею експонуються рукописи перекладачів, книги, видані на литовською мовою, фотографії та ілюстрації, створені художниками. Що стосується театральної експозиції, то вона оповідає про постановках творів Пушкіна в театрах Литви, наприклад, опери «Євгеній Онєгін». Можна побачити величезну кількість фотографій, афіш і програм вистав, ескізів костюмів, які були створені художниками: Н. Зелінським, М. Добужинским, М. Перцевим.

Яскраво представлена історична постановка творів поета в Литовському національному театрі балету і опери «Борис Годунов», «Пікова дама», «Русалка», «Моцарт і Сальєрі», «Бахчисарайський фонтан» та інші.

У меморіальній виставці музею представлена меблі, яка була замовлена у віленських майстрів для дому в Маркучяй. Велика частина меблів має вирізку гербів роду Пушкіних. Вся меблі вціліла і представлена в меморіальної експозиції, яка зберігає в собі автентичний побут поміщиків з Виленсии кінця 19 – початку 20 століття.

Одна з кімнат музею має куточок, у якому зберігаються два зелених оксамитових крісла і картковий столик, належали поетові. Кімнатні стіни оббиті полотном, які вручну вишили кріпаки дівчата з села Михайлівське, з якого була привезена і меблі. У шафі, виготовленому з червоного дерева, знаходяться 21 видання творів А. С. Пушкіна – це є справжнім скарбом, адже за життя Пушкіна було випущено лише 34 книги. Можна побачити картини, аплікації, зроблені Варварою Пушкіної.

У 1999 році в Литві відзначалося 200-річчя з дня народження великого поета А. С. Пушкіна. Був проведений розкішний вечір в драматичному театрі Литви, а також безліч культурних заходів. У цьому ж році будівля музею було відреставровано.

В музеї імені А. С. Пушкіна проходить багата культурна життя: проводяться концерти, музичні вечори, виставки, літературні вечори, а також відзначаються пам'ятні дати з життя великого поета. Музей веде співробітництво з іноземними музеями, культурними установами, веде освітню та просвітницьку роботу.