Церква Богоявлення була побудована в 1684-93 роках на кошти ярославського купця Олексія Зубчанинова. Олексій Зубчанинов торгував шкірою, причому дорогими сортами (юфтью), належав до торгової верхівки міста, був похований на території Спаського монастиря.

В церкві Богоявлення три престоли. Головний престол присвячений свята Богоявлення. У південній прибудові, який раніше служив теплій зимовій церквою, престол освячений в честь вологодського чудотворця преподобного Дмитра Прилуцького, а північний боковий вівтар був вузький і тісний і не призначався для звичайних парафіяльних служб. Він присвячений Страшного Суду, що є великою рідкістю для православ'я.

По конструкції ця церква не схожа на інші ярославські храми, так як в ній немає внутрішніх стовпів. Перше враження від стінних розписів визначається трьома основними кольорами: золотиста охра, синьо-блакитний і темно-вишневий. Золото і блакить додають урочистості інтер'єру і, завдяки сонячному освітленню, проникаючого в храм через великі вікна, церква виглядає дуже святково і нарядно.

Стіни храму діляться на вісім ярусів, живопис в них оповідає про життя і вчення Христа. Чотири нижніх яруси присвячена історії земного життя Христа. У чотирьох верхніх ярусах настінні розписи розбиваються вікнами на безліч окремих композицій. Завершальні сцени Страшного Суду розташовуються лише на західній стіні.

Іконостас храму виконаний в традиційному російською стилі. В іконостасі присутні шість ярусів ікон, і завершується він мальовничим Розп'яттям з фігурами майбутніх. Всі конструктивні деталі іконостасу покриті бароковою різьбою у вигляді великої виноградної лози.

Раз у році Богоявленський храм стає головним храмом Ярославля, так як поруч з ним на річці Которосль влаштовується особлива ополонку для освячення води.