Національний музей Кіото – один з трьох найбільш відомих музеїв Японії, будівництво яких велося в епоху Мейдзі в кінці XIX століття. Разом з музеєм у Кіото також у цей час зводилися музеї, які в даний час носять назви Токійського національного музею та Національного музею Нари. Раніше вони називалися імператорськими.

Головний зал музею спроектував архітектор Катаяма Токума, відомий прихильник західних віянь у мистецтві. Тому будівля була побудована з червоної цегли у стилі французького Ренесансу. Зараз в ньому проходять різні виставки. Будівництво цієї частини музею було завершено у 1895 році. У другій половині XX століття будівлі Головного виставкового залу, ворота, будівля квиткової каси й огорожу навколо всього комплексу були оголошені важливим культурним спадщиною Японії.

Постійні експозиції розміщені в новому приміщенні музею, яка була збудована у 1966 році. Експонати музею зібрані за трьома напрямками: витончені мистецтва (живопис, скульптура, каліграфія), ремесла (кераміка, лак, тканини, вироби з металу, в тому числі побутового та релігійного призначення, зброю і обладунки), археологічні знахідки.

Експонати із зібрання Національного музею Кіото представляють не тільки японське мистецтво, але і мистецтво інших азіатських країн. Всього у колекції музею налічується понад 12 тисяч експонатів, половина яких представлена на загальний огляд. Крім цього, 230 предметів музейної колекції мають статус національних скарбів Японії. Багато предмети раніше перебували в старовинних храмах, імператорських палацах або приватних колекціях. Також у музеї зібрано великий архів фотоматеріалів, що нараховує більше двохсот тисяч одиниць зберігання. Площа музейного комплексу – 50 тисяч кв. метрів.