Зачаровує своїх відвідувачів Музей інків, який розташувався в красивому колоніальному особняку XVI століття на північний схід від Пласа-де-Армас. Він є найкращим музеєм у місті для тих туристів, хто цікавиться культурною спадщиною інків.

На стендах музею, заснованого в 1948 році, представлені відреставровані артефакти унікальної колекції виробів з металу, кераміки, дерева, текстилю, а також ювелірні вироби з золота та срібла, мумії, музичні інструменти. У двох залах музею, присвячених коку (наркотичній речовині), розповідається, що кока - лікарська рослина, яка донині ще культивується індіанськими племенами Сечі, Чіму, Пукарас. У музеї біля кожного експоната знаходиться детальна інформація. Відвідувачі також можуть оглянути музей у супроводі гідів з екскурсією на іспанською або англійською мовами.

Будівля музею, відомий як Будинок адмірала, назване так на честь свого першого власника - адмірала Франциско Альдрете Мальдонадо, було сильно пошкоджено під час землетрусу в 1650 році і згодом відреставровано Педро Перальта-де-лос-Ріос графом Лагуна-де Чанчакалле, герб якого зображений над ганком. Особняк побудований з тесаного каменю, його масивні сходи прикрашені скульптурами міфічних істот. У дворі музею нащадки андських ткачів демонструють свою майстерність і продають традиційний текстиль, виготовлений своїми руками.

В даний час музей налічує більше 9 600 артефактів культури інків, з яких у виставкових залах демонструються трохи більше 600, але експозиція змінюється кожні півроку. У стінах музею проводяться семінари, в його лабораторіях проводять дослідження вчені Національного університету Сан-Антоніо-Абад-де-Куско.