Церква Санта-Марія була побудована в кінці XV століття, а саме - в 1498 році, і розташована на площі Принца Генрі, названої в честь короля Генріха Мореплавця.

З другої половини XVII століття церква Санта-Марія є парафіяльною церквою Лагос. До цього часу парафіяльним храмом у місті служила церква Санта-Марія-да-Грас, яка була зруйнована в результаті пожежі, коли стався землетрус 1755 року. В кінці XIX століття церква Санта-Марія була відреставрована, з оригінальної споруди зберігся лише портал храму, який датується XVI століттям і виходить на площу. Портал у стилі ренесанс оточують колони в доричному стилі, вгорі можна побачити скульптурні бюсти апостолів Петра і Павла. З боків розташовані дві симетричні вежі-дзвіниці.

Первісна назва храму - церква Милосердя, а вже після проведення відновлювальних робіт, у XVI столітті, церква стали називати Санта-Марія. Всередині церква має один неф, є баптистерій-хрестильня, стеля храму - дерев'яний. Привертає увагу своїм убранням головна капела, яка знаходиться на підвищенні. Варто відзначити, що місце для хору в церкві так само знаходиться на підвищенні. Щоб підійти до вівтаря, який прикрашає Розп'яття Ісуса Христа, відвідувачі проходять через арку. Так само всередині церкви знаходяться зображення Успіння Пресвятої Богородиці, Богородиці Милосердя, які датуються другою половиною XVII століття.