Себежский національний парк знаходиться в межах великої Себежскій височини, що являє собою обширну крайову зону відомої Валдайській височині, ширина якої сягає 35 км. Пониження поверхні здійснено у південному напрямку. Найбільш масштабна частина території парку вкрита переважно камовыми формами рельєфу. Не тільки в південній, але і центральній частинах парку найбільш поширені флювиоглянциальные і льодовикові форми рельєфної поверхні. Формування рельєфу сталося в результаті ерозії, дія якої активно прискорювали льодовики, що відноситься до так званого валдайскому зледенінь. Розташування парку можна охарактеризувати як частину Балтійсько-Валдайских гряд, які розташовані на кордоні валдайського льодовика. Що стосується геологічних об'єктів, то вони особливо характерні і являють собою «Греблы» - це камовые гряди, довжина яких може досягати 10-12 км, а ширина – 300-400 км при висоті в 25-40 км.

Варто відзначити, що кліматичні умови Себежского національного парку можна охарактеризувати як помірні з тривалою холодною зимою, помірним теплим вегетаційним періодом, а також підвищеною хмарністю. Найнижчі температури становлять-42-46 °С, а максимальні високі - +35°С; середньорічна температура повітря в середньому становить +4, 3-4, 6 °С. На Себежском озері среднедекадная температура в липні за сім років спостережень дорівнює 19 °С. Весняні заморозки в більшості випадків закінчуються 15 травня, хот вже наприкінці вересня вони знову починаються. На території парку в основному переважають західні, південно-західні і південні вітри, середня швидкість яких досягає 4 м/с. Протягом року спостерігається приблизно 19 днів, протягом яких ллють безперервні дощі.

Територіальна зона розташування Себежского парку розташований на вододілі басейнів таких річок, як Велика і Західна Двіна, але все ж всі 20 річок мають пряме відношення до басейну річки Західна Двіна. Можна сказати, що в парку переважає густа річкова мережа. З усіх протікають на території парку річок, найбільш значною є Чорна річка, яка впадає в Себежское озеро, при цьому ріка Злиденна витікає з озера Злиденна. Якщо судити про них по річкового режиму, то всі вони належать до східно-європейського типу, що пов'язано більшою мірою зі сніговим живленням. Для всіх річок особливо характерно завищене весняне водопілля, а також знижена літня межень.

В зоні розташування Себежского парку переважають в основному підзолисті, торф'янисто-підзолисті, дерново-підзолисті типи ґрунтів, що свідчить про сильну пересеченности рельєфу, унаслідок чого ґрунтам властива комплексність. Явища ерозії на території парку не спостерігається.

Що стосується рослинного світу національного парку, то варто зазначити, що тут найбільш характерна охорона рослин, хоча в зоні розташування парку охороняються представники флори не так рідкісні. Серед рослин можна назвати різного роду рідкісні мохи: гиропор каштановий, ожин коралловидный, собачий мутинус, також судинні рослини: ірис сибірський, балтійський пальцекорник, любка дволиста, болотна гаммарбия, побегоносный молодило, вовче лико звичайне, первоцвіт високий і багато інших. Якщо брати до уваги лікарські та харчові рослини, то на даній території особливо поширені брусниця, журавлина болотна і чорниця.

По всій території Себежского парку можна зустріти метеликів махаон, малинові орденські стрічки; птахів: лебідь-шипун, велика бугай, малий підорлик, погонич малий, журавель сірий, чубата чорніти, гоголь звичайний, глухар. Серед ссавців варто відзначити річкового бобра, борсука, лісову куницю, бурого ведмедя, лося, кабана, козулю європейську і багатьох інших представників. У деяких водоймах спостерігається досить висока кількість європейського вугра.

У національному парку «Себежский» на даний момент особливо розвинений автомобільний, водний і піший види туризму, а також розроблені орнітологічні маршрути і мають місце бути дві екологічні стежки.