Ботанічний сад був закладений в 1772-1774 роках. Практично відразу після заснування його об'єднали з Національним історичним музеєм, творцем якого був маркіз Помбал. Місце для саду вибирав віце-канцлер Університету Коїмбри Франциско де Лемос. Сад розташувався на землі, яка раніше належала Школі Святого Бенто, місцезнаходження якої було долина Урсулинок. Першим куратором саду був Домингос Ванделли, а в 1791 році йому на зміну прийшов Фелик Алевар Бротеро, професор ботаніки та землеробства. Сад постійно розширювався, з'являлися нові екземпляри рослин, і на сьогоднішній момент сад займає площу в 13 гектарів.

Ботанічний сад Університету Коїмбри вважається одним з найкрасивіших садів в Європі і складається з двох частин. Одна його частина розташована на височині і розділена на тераси. Нижня тераса носить назву Квадрадо Централ і є найстарішою частиною саду. Терасу прикрашає фонтан 40-х років, можна побачити дерева, посаджені ще за часів курирування саду Феліксом Бротеро. Елементи декору тераси мають багато спільного з декором європейських садів в XVIII столітті. На інших терасах можна побачити оранжереї з тропічними і субтропічними деревами, і клумби цілих сімейств рослин. На цих клумбах рослини розподілені по групах таксономически і вирощуються для використання студентами-ботаніками, а так само для обміну з іншими подібними інститутами по всьому світу, у яких є ботанічні сади.

У другій частині саду розкинулася долина, через яку протікає невеликий струмок, і де розташувався дендрарій. Там росте багато бамбукових дерев та інших екзотичних рослин. Також друга частина саду славиться чудовою колекцією евкаліпта (51 вид). В саду живуть птахи. Сімейства коричневих білок є частиною екосистеми, яка була успішно впроваджена в червні 1994 року. Білки були першими тваринами, які добре адаптувалися в навколишньому середовищі і почали розмножуватися.