Церква Святого Миколи міста Мелник, збудована у часи Середньовіччя, є однією з найбільш цікавих місцевих пам'яткою. Сьогодні ця церква являє собою руїни, але найближчим часом планується провести реконструкцію і відновлення в рамках діяльності програми ФАР.

Церква розташована на пагорбі Святого Миколая на південь від міста, на місці, яке в давнину використовувалося як святилище. Раніше тут розташовувався фракійський храм, присвячений богині Бендиде, а пізніше, у V столітті, базиліка, яка була зруйнована приблизно в VI столітті. В даний час у вчених немає будь-яких даних, що дозволяють однозначно датувати час будівництва церкви, однак найбільш поширена версія про те, що будівля виникло в XI-XII століттях.

На жаль, велика частина будівлі не збереглася до наших днів і сьогодні туристи можуть побачити тільки частину східної стіни і деякі деталі дизайну інтер'єру. На стіні можна побачити фрагменти фрески, яка має високу художню та історичну цінність. Частина настінного живопису була збережена і зараз знаходиться в Археологічному музеї міста Софія.

До церкви примикає дзвіниця, яка була збудована окремо, вона розташовується на північний захід від головної будівлі. До речі, один з найстаріших церковних дзвонів в Європі раніше знаходився саме тут. Вважається, що церква Святого Миколая функціонувала до XIX століття, а в 1929 р. зруйнована (після Балканських воєн Мелник був залишений населенням і этопагубно позначилося на будівлі храму).