Мечеть Байракли Джамія – одна з найдавніших міських споруд в Самокові. Розташована недалеко від центральної площі міста, поблизу автовокзалу. «Bayrak» з турецького буде правильно перекласти як «прапор», а «Bayrakli» – це вже буде «з прапором». Археологи припускають, що будівля мечеті було побудовано з фрагментів більш давньої мечеті XVI століття. Верхня частина споруди виконана з дерева, основний обсяг – кам'яний.

Дата побудови Байракли Джамія – 1840 рік, якраз напередодні повного звільнення Болгарії від османського ярма. У зв'язку з цією подією, користувалися мечеттю за прямим призначенням зовсім недовго. Тим не менш мечеть є живим нагадуванням про п'ятистолітньої влади турків. Самоков був захоплений у 1371 році, але місто залишався добре розвиненим весь період окупації і навіть став центром железодобывающей промисловості серед усіх європейських провінцій, що належали туркам.

Вхід мечеті прикрашений колонами з дерева, які вписані в фасад з фресками. Все це створює ілюзію сцени в театрі. Такі архітектурні рішення є яскравими прикладами майстерності самоковских художників, які з легкістю могли вийти за рамки традиційної живопису.

Оскільки національне відродження Болгарії якраз випало на XVIII століття, це знайшло своє відображення і в будівництві мечеті. Типовими для болгарського «народного» стилю стали ротонда, яку вінчає купол, покритий черепицею червоного кольору. Карнизи зовні і всередині розписані орнаментом з переважаючими квітковими мотивами. Схожі розпису можна побачити в самоковских православних храмах і навіть у міській синагозі. Розпис всередині мечеті відрізняє унікальна комбінація традиційних стилів: європейського рококо та бароко. Мабуть, сплутати мечеть і християнський храм недосвідченому паломнику було б просто, якби не мінарет.

З 1920 року мечеть закрита і оголошена пам'яткою культури національного рівня. Після реставрації будівлю мечеті перетворили на музей.